在秸秆等物料粉碎作业过程中秸秆粉碎机防尘问题是不可忽视的，污染问题是必须要解决的，对在秸秆可再生利用前的粉碎工序中产生的粉尘采取防尘除尘措施，可以使岗位和外排的空气含尘浓度符合卫生标准和排放标准。具体措施包括粉碎除尘设计，包括对秸秆粉碎机设备以及其他配套设施的防尘措施。
秸秆粉碎中的除尘一种，进料防尘。优先采用除尘效率高的湿秸秆。当不具备湿秸秆条件时，可采用干式捕尘滤尘粉碎，干式捕尘滤尘分为在秸秆粉碎机的出料口以捕尘装置分离灰尘后在过滤灰尘两种形式。可用旋风除尘加布袋除尘组合方式净化含尘空气。
在装运中也要注意防尘。抓草机、秸秆堆放、铲运机、皮带机及装车等作业均产生大量粉尘，可采用喷雾洒水、密闭抽风等措施防止粉尘散发。